19世紀初頭。英海軍に徴集された天涯孤独の少年トビーは、交戦中に遭難し、見たことのない船に救出される。そこで働くのは、主に十代二十代の子供や若者たち。セント・イージス号―世界に先駆けた新技術を搭載する、極秘任務を帯びた軍艦だった。謎の少女ファーダと出会い、トビーの世界は大海原へ、そして激化する戦闘へと開かれていく。