室戸沖千メートルの深海で男の他殺体が発見された。被害者は、日本中が注目する縄文遺跡“高千穂ポンペイ”の発掘主任。発掘現場には当初、産廃処理施設の建設が予定されていたことから、その方面でのトラブルが殺人の動機と疑われるが...。一方、遺跡からも説明のつかない不可思議な発見が―。現代の謎と古代の謎が交錯する壮大な“魂の物語”。