ワームホールに閉じ込められたナツミのもとへなんとか辿り着いた祐太郎たち。しかしそこにいたのは、神代ナツミではなく、以前消滅したはずのAIナツミだった。乗員たちは、まったく違う人格であるAIナツミに対して、どう接してよいかわからず苦悩する。一方、戦況は混乱をきわめつつあった。祐太郎たちは反逆者というレッテルをはられてしまったグリイドと共同戦線をはるが、クォート軍は背後に謎の大国を配し、不気味な動きを見せる。その時祐太郎がとった最後の作戦とは―!?キャラクター総出演でお贈りする、大迫力大感動のシリーズ完結編。