15世紀のイタリア北部、湖水地方。嵐の夜、湖畔にたつ城館で、主人が壁に磔の格好で死んでいるのが発見された。同時に闇の中に天使の姿も出現したという。館には聖母子の姿を浮かび上がらせる奇跡の香炉―聖遺物が存在し、各地から聖職者らが派遣されていた。事件を解決すべく、ミラノからレオナルド・ダ・ヴィンチが乗り込む。ダ・ヴィンチの天才頭脳が、隠された謎を解く。