人口2千人の小さな島「階段島」、そこに住まうのは「捨てられた」人々。停滞した安定の中で、七草は穏やかに暮らしていた。しかし、どこまでもまっすぐな少女、真辺由宇との再会が、彼の日常を大きく変えて…？