世界が重素の海に沈んだ災厄「大洪雲」後―人間はわずかに残った島々で、空中を漂う浮獣を生活資源に暮らしていた。トリンピア島で怠惰に生きる少年リオは、年上の女性ジェンカから浮獣を狩るハンター「翔窩」に勧誘される。両親を見返すため渋々仕事を始めたリオだが、シップに乗り、浮獣を狩る楽しさに徐々に目覚めていく。だが古の浮獣グリースに話しかけられてから、リオは世界の成り立ちに疑問を抱きはじめるのだった。